يدور جدل حام في مصر حول بحيرة إدكو والمزارع السمكية في محيطها وإغلاق المياه عن البحيرة وحالات التسمم. وقد أعدت وزارة البيئة دراسة لرصد الأوضاع البيئية في البحيرة وحجم التلوث وأسبابه.
أوضحت الدراسة أن بحيرة إدكو في منطقة الدلتا شمال مصر، ترتبط بالبحر المتوسط من خلال فتحة ضيقة تدعى بوغاز المعدية، وتحدها المزارع السمكية والقرى والأراضي الزراعية، فباتت البحيرة بمثابة خزان لمياه الصرف الملوثة بالمخلفات الآدمية والزراعية. وأشارت إلى أن مزارع الأسماك في مياه البحيرة تسببت في زيادة أعداد البكتيريا فوق الحد المسموح به، ومن وجهة نظر الصحة العامة تعتبر البحيرة كلها ملوثة على مدار فصول السنة.
وأكد المهندس سيد مصطفى، مدير عام نوعية المياه العذبة والبحيرات في وزارة الدولة لشؤون البيئة، أن سبباً رئيسياً لتلوث البحيرة هو الأغذية التي يستخدمها أصحاب المزارع السمكية لتغذية الأسماك، حيث يستخدمون حيوانات نافقة وهورمونات وأعلافاً حيوانية كثيرة، ومع الوقت تتحلل ويزداد النشاط البكتيري، وتنمو الفطريات والطحالب السامة التي تتسبب في تقليل نسبة الأوكسيجين الذائب في الماء، خاصة في الصيف، وتتسبب في موت الأسماك.