أدى عدم تطهير مجرى النيل في فرع «رشيد» الى تفاقم مشكلة «ورد النيل». وتسبب تراكم هذه النباتات المزهرة في منع وصول مياه النهر الى أراضي الفلاحين في بعض المناطق. كذلك تراكمت كميات كبيرة من ورد النيل في أجزاء شاسعة من بحيرة البُرُلّس، ما يعيق حركة قوارب الصيد. وهذا نبات سريع التكاثر، ما يجعله يهدد كفاءة عمل شبكات الريّ وصرف المياه.
في مواجهة هذه المشكلة، تم توقيع اتفاقيّة تعاون بين المركز القومي للبحوث والمركز القومي لبحوث المياه، يهدف الى التخلص الآمن من ورد النيل وحشائش مائية أخرى، والاستفادة منها أيضاً عن طريق تحويلها إلى أعلاف وأسمدة عضوية. كذلك تهدف اتفاقية التعاون إلى التخلص من ملوّثات اخرى في النيل، كالعناصر الثقيلة التي تحتاج إلى أساليب علمية وتقنّيات حديثة في التعامل معها.