ما زالت ماتشو بيكتشو لغزاً حتى اليوم، تدور نظريات كثيرة حول وظيفتها في عالم شعب الإنكا. في البداية كان يعتقد أنها «فيلكابامبا»، أي مدينة الإنكا الضائعة. لكن مجمَّع الأبنية والساحات والمنصات، التي تربط بينها ممرات ضيقة، لا تشير الى استعمالها لأغراض زراعية أو دفاعية.

ويظهر مخطط المدينة فواصل بين المناطق المختلفة، ولكن بشكل يساعد في اقامة الشعائر الاحتفالية والدينية أكثر من أي شيء آخر.

ويعتقد معظم علماء الآثار أن ماتشو بيكتشو بنيت كمقرّ جبلي لإمبراطور الإنكا باتشاكوتي (1438 ـ 1472). ويبدو أنها كانت على قدر كبير من الشهرة، وشكلت مقصداً لشعوب المنطقة. وتظهر القطع الفخارية التي تعود لحضارات أخرى الى أن الطعام كان يؤتى به من خارج المدينة.